Ukończyła z wyróżnieniem studia na Wydziale Wokalnym Akademii Muzycznej im. Feliksa Nowowiejskiego w Bydgoszczy, w klasie prof. Brygidy Skiby. Jeszcze w czasie studiów wystąpiła w Operze Nova w Bydgoszczy w partii Hanny w Strasznym dworze Moniuszki. Brała udział w kursach mistrzowskich Ewy Czermak i Ingrid Kremling. Jest laureatką I nagrody na 3. Ogólnopolskim Konkursie Wykonawstwa Muzyki Operowej i Musicalowej w Krakowie (październik 2008 r.).

Magdalena Polkowska współpracuje także z Mecklenburgisches Staatstheater ze Schwerina, Filharmonią Pomorską w Bydgoszczy, Orkiestrą im. Johanna Straussa, Kwartetem Pomorskim i Operą Krakowską. Występuje w Polsce i zagranicą.

W 2012 roku otrzymała Nagrodę Prezydenta Miasta Bydgoszczy.

Od 2003 r. na scenie Opery Nova jako:

• Papagena w Czarodziejskim flecie W. A. Mozarta,
• Rose w Lakmé L.Delibesa,
• Dziewczyna w Manru Paderewskiego,
• Liza w Hrabinie Maricy Kálmána,
• Ida w Zemście nietoperza,
• Ines w Trubadurze,
• Micaela w Carmen,
• Gianetta w Napoju miłosnym,
• Saffi w Baronie cygańskim,
• Mimi w Cyganerii.
• tytułowa Rusałka,
• Nedda w Pajacach,
• Alice Ford w Falstaffie,
• Sylwia w Awanturze w Recco,
• tytułowa Hrabina Marica,
• Kropka w Operowym zawrocie głowy,
• Małgorzata w Fauście,
• Hanna Glawari w Wesołej wdówce.

Występuje podczas Koncertów Sylwestrowych